Cercetătorii USV recomandă o metodă rapidă de identificare a variantei britanice a SARS-CoV-2 prin teste RT-PCR cu kitul TaqPath ce are o corelație de 95% cu metoda secvențierii

Cercetătorii de la Universitatea „Ștefan cel Mare” din Suceava care sunt implicați în secvențierea genomului SARS-CoV-2 respectiv prof.univ.dr. Mihai Dimian, prof. univ. dr. Mihai Covașă și conf.univ.dr. Andrei Lobiuc, au transmis, miercuri, o informare de presă în care recomandă ca pentru o mai rapidă depistare a variantei britanice a virsului să fie efectuate teste RT-PCR folosind kitul TaqPath, iar secvențierea pentru depistarea acestei variante să fie efectuate doar prin selecție pentru validarea periodică a metodei rapide.

Aceștia arată într-o infromare de presă că  varianta de coronavirus originară din Marea Britanie, B.1.1.7, este caracterizată printr-o transmisibilitate crescută și a fost prezentată de specialiști ca fiind la originea creșterii masive a numărului de cazuri din Marea Britanie pe parcursul lunii decembrie, atenuată ulterior prin noi măsuri de carantinare națională, în luna ianuarie 2021.

Potrivit cercetărilor suceveni, din aceste motive, varianta britanică provoacă motive de îngrijoare în întreaga Uniune Europeană și în alte țări, fiind considerată, alături de variantele din Africa de Sud (B.1.351) și Brazilia (P.1), ca „variants of concern” de către Centrul European pentru Combaterea și Controlul Bolilor, fiind preconizat că varianta britanică va deveni varianta dominantă în numeroase regiuni europene.

Ei menționează că, din păcate, procesul de identificare a persoanelor infectate cu varianta britanică a virusului SARS-CoV-2 (B.1.1.7) este mult îngreunat de timpul necesar procesului de secvențiere a genomului virusului SARS-CoV-2, utilizat în prezent ca metoda de identificare, de costurile asociate acestei metode și de capacitatea redusă de secvențiere, mai ales în țara noastră.

Astfel, în cadrul Laboratorului de Metagenomică și Biologie Moleculară al Universității „Ștefan cel Mare” din Suceava (USV), au fost realizate, pe parcursul ultimei săptămâni, secvențieri pentru un număr de 101 probe, provenite de la pacienți depistați pozitivi cu SARS-CoV-2, de pe raza județelor Timiș, Neamț, Iași și Suceava, iar din probele analizate, au fost depistate un număr de 65 noi cazuri aparținând tulpinii de interes epidemiologic B.1.1.7 (VOC 202012/01), cunoscută ca având originea in Marea Britanie.

Cercetătorii suceveni menționează că pornind de la rapoartele publicate de Serviciul de Sănătate Publică din Anglia (Public Health England) privind investigarea noii variante SARS-CoV-2, s-au testat cele 101 probe și prin metoda RT-PCR, folosind kitul TaqPath menționat în studiu.

Astfel, toate cele 65 de cazuri de tulpini britanice au fost identificate prin metoda RT-PCR (TaqPath) ca având gena S nedeterminată și doar unul dintre celelalte 36 de cazuri pozitive a mai fost identificat prin RT-PCR (TaqPath) ca având gena S nedeterminată, obținându-se pentru acest set o corelație de 99% între cele 2 metode (metoda de secvențiere a întregului genom al virusului și metoda de testare prin RT-PCR (TaqPath)).

Totodată, s-a observat o pondere de 98,5% de tulpini britanice din grupul celor depistate la RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată, comparativ cu runda precedentă de secvențiere, când doar 14 din cele 22 de probe identificate prin RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată ( 64%) au fost confirmate ca fiind varianta britanică (B.1.1.7).

Deoarece diferența medie dintre datele de prelevare a probelor între cele două runde de secvențiere ale USV a fost de aproximativ 4 săptămâni, se poate asimila această situație evoluției observate în Marea Britanie unde, pe parcursul a 4 săptămâni, ponderea variantei B.1.1.7 în grupul celor care prezentau deleția aminoacizilor 69-70 (Δ69-70) a crescut de la 64%, la data de 2 noiembrie 2020, la 95%, la data de 30 noiembrie 2020, și la peste 99%, cu două săptămâni mai târziu.

„Deoarece nedeterminarea genei S prin metoda RT-PCR (TaqPath) se corelează aproape perfect cu deleția aminoacizilor 69-70 (Δ69-70), se poate infera că ne aflăm, în România, într-o perioadă în care peste 95% dintre probele identificate prin RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată sunt de tipul variantei britanică B.1.1.7.”, se precizează în comunicat.

Cercetătorii suceveni spun că deoarece timpul necesar testării prin RT-PCR (TaqPath) este mult mai redus decât cel necesar metodei de secvențiere, iar costul kiturilor de testare este mult mai mic decât al kiturilor de secvențiere, în timp ce capacitatea de testare RT-PCR (TaqPath) din România este mult mai mare decât cea de secvențiere, este justificată, în această perioadă, utilizarea metodei RT-PCR (TaqPath) pentru decizii rapide și doar secvențierea prin selecție pentru validarea periodică a metodei rapide.

Cercetătorii suceveni consideră că în același timp, procesul de secvențiere trebuie extins și diversificat în România, pentru identificarea celorlalte variante de tulpini cu transmisibilitate crescută sau cu alte caracteristici îngrijorătoare. 

„Subliniem și faptul că identificarea prezenței variantelor de tulpini cu transmisibilitate crescută reprezintă doar unul dintre obiectivele activității de secvențiere, Organizația Mondială a Sănătății recomandând prioritizarea secvențierilor și în alte scopuri, precum: persoane vaccinate pentru SARS-CoV-2, dar care ulterior se infectează cu SARS-CoV-2; în cazul existenței de suspiciuni privind modificarea performanței metodelor de diagnostic (anticorp, antigen, teste moleculare) sau a terapiilor; în cazul investigațiilor de tip cluster, când secvențierea poate să sprijine înțelegerea evenimentelor de transmisie și / sau să evalueze eficacitatea procedurilor de control al infecției; în alte condiții de risc, cum ar fi cele unde a existat o interacțiune strânsă a pacientului cu un număr mare de animale care sunt susceptibile la infecția cu SARS-CoV-2”, se arată în comunicat.

loading...